Phase II

Croissance et démonstration de succès pilotes ( 2007 – 2009 )

Au cours de l’année 2006, les évaluations positives de l’Inserm et de l’AFM ont permis la création des deux entités administratives présentes jusqu’à ce jour à I-Stem, l’Unité Inserm 861 (mixte avec l’University d’Evry, UEVE) et le Centre d’Etude des Cellules Souches (CECS). Ces deux structures ont été réévaluées positivement au terme de la phase II, dans un calendrier cohérent avec l’élaboration du troisième plan stratégique de l’Institut.

La phase II a été marquée par une croissance très forte, tant en  ressources biologiques qu’en équipements, en nombre d’équipes et de programmes.

Ressources biologiques

  • En plus des lignées de cellules souches embryonnaires importées, une campagne de dérivation a été réalisée en collaboration avec l’équipe du Pr Stéphane Viville de Strasbourg, qui a permis la mise en banque de 19 lignées provenant d’embryons écartés lors d’un diagnostic pré-implantatoire du fait de la présence d’une anomalie génétique responsable d’une maladie grave. En parallèle, dès 2008, les équipes d’I-Stem ont  saisi l’opportunité des techniques de reprogrammation génique mises au point par Shinya Yamanaka (publication de novembre 2007) pour créer de nombreuses lignées de cellules iPS porteuses d’anomalies génétiques.
  • De nombreux collègues se sont adressés à nous pour avoir accès à des lignées cellulaires iPS porteuses des mutations qu’ils étudiaient. En réponse, nous avons créé « l’atelier iPS » qui permettait en même temps cette production et la formation d’un membre de l’équipe extérieure pendant une période de trois mois à plein temps à I-Stem. Plus d’une vingtaine de laboratoires ont bénéficié de cet atelier au cours de ses 3 ans d’existence.

Equipements

  • Le démarrage de la Phase II a coïncidé avec l’emménagement d’I-Stem dans des locaux propres de 1600 mètres carrés, progressivement étendus à 2300, situés dans l’enceinte du Campus I de Genopole. Les locaux de recherche se composaient essentiellement de zones confinées de niveau II, requis pour le travail sur des cellules humaines, et des laboratoires non confinés pour les expériences biochimiques, en biologie moléculaire et en histologie, et pour l’analyse.
  • La plateforme de criblage à haut débit de composés a été installée en 2007 et mise en œuvre dès le milieu de 2008 pour des campagnes dont le nombre est allé croissant d’année en année. Elle a montré sa pleine puissance à la fin de la deuxième phase d’I-Stem en permettant le criblage – dans le cadre d’une collaboration industrielle avec la société Hoffman LaRoche – de 220.000 composés.
  • Les outils de mesure du criblage à moyen débit ont été installés, en particulier un imageur automatisé et la PCR quantitative en plaques 384 puits.
  • Une zone d’expérimentation animale dédiée aux études de recherche pré-cliniques chez le rongeur a été mise en œuvre. Elle a été fermée depuis, et nos travaux dans le domaine ne s’effectuent plus qu’en collaboration avec des équipes spécialisées.

Les équipes

Alors que la phase I avait été réalisée par une petite équipe « commando » sans structuration interne formalisée, la phase II, marquée par un doublement des effectifs en 2007, puis un autre en 2008, a donné lieu à l’organisation d’équipes de recherche, chacune chargée du développement d’un programme et placée sous la responsabilité d’un chef d’équipe.

  • La majorité des équipes de recherche se sont structurées autour d’une pathologie, ou d’un groupe de pathologies intéressant un même organe ou un même type cellulaire. La description des objectifs et des activités des équipes de R&D est proposée au lecteur dans un dossier spécifique (pour les scientifiques, voir la version anglophone qui est plus étendue).
  • Trois équipes de recherche technologique se sont organisées autour des grandes méthodologies et technologies de l’Institut (production des cellules, criblage à haut et moyen débit, génomique fonctionnelle).
  • En parallèle, deux équipes de direction ont été structurées : la direction scientifique, chargée de la coordination et de l’animation scientifique et technique de l’Institut, ainsi que des partenariats, et la direction administrative, financière et logistique, dédiée à l’ensemble des fonctions supports.

Les programmes

Le renforcement des équipes, l’accès aux ressources biologiques et la mise en œuvre des plateformes a permis de diversifier les approches et les programmes.

  • La phase II a vu, dès 2007, les premières prises de brevet et les premières publications internationales portant sur des programmes technologiques (production cellulaire, identification d’anomalies génomiques) et biologiques (identification de plusieurs protocoles de différenciation)
  • L’arrivée de plusieurs équipes a diversifié les indications pathologiques dans le cadre des deux grands axes de recherche établis dès l’origine, la thérapie cellulaire et la modélisation pathologique ouvrant la voie au criblage de médicaments.
  • De nombreuses collaborations de recherche ont été établies, avec des partenaires académiques et industrielles, pharmas et biotechs.