Equipe:
Margot Jarrige : Ingénieur Responsable plateforme (CECS)
Hélène Polvèche : Ingénieur Bio-informatique (CECS)
La plateforme NGS propose aux équipes de recherche de l’I-Stem des prestations de séquençage à haut débit du Génome et/ou du Transcriptome ainsi qu’un accompagnement scientifique et technique en proposant des stratégies de séquençage les plus adaptées aux projets. A l’issue du séquençage, les données brutes sont analysées selon les applications puis transférées au responsable du projet.
Les applications disponibles au sein de la plateforme comprennent :
- Séquençage de Transcriptome :
- RNA-seq, quantification de l’expression de gènes / transcrits, différentiel d’expression entre conditions et analyse de variants d’épissage
- ARN codant ( Ampliseq TM, 3’RNA-seq ), quantification de l’expression des gènes et différentiel d’expression entre conditions
- miRNA-seq, quantification de l’expression des miRNA et différentiel d’expression entre conditions.
- Séquençage d’Exome : analyse des régions codantes et identification des mutations (SNP / CNV)
- Séquençage ciblé : analyse de panels de gènes et identification des mutations (SNP / CNV)
La plateforme possède un séquenceur Ion Proton, des automates Ion Chef et Ion OT2/ES (Thermo Fisher Scientific) ainsi que des équipements permettant l’extraction, la quantification et le contrôle qualité des échantillons (Qiacube – Qiagen / BioAnalyseur – Agilent / QuantStudio 12K & 7K – Thermo Fisher Scientific )
En plus de l’activité de prestation, la plateforme conduit des programmes de R&D telles que la mise au point de nouvelles techniques de séquençage ainsi que la mise en place d’outils bio-informatiques ( Bases de données / Pipelines d’analyse NGS)
Outil développé par la plateforme:
- SIStemA : Exploration de données de séquençage pour la recherche sur les cellules souches pluripotentes humaines.
Collaborations :
- PSMN (Pôle Scientifique de Modélisation Numérique)
Publications :
- Sandra Pourtoy-Brasselet, et al (2021). Human iPSC-derived neurons reveal early developmental alteration of neurite outgrowth in the late-occurring neurodegenerative Wolfram syndrome . AJHG
doi : 10.1016/j.ajhg.2021.10.001 - Mérien A, et al (2021). CRISPR gene editing in pluripotent stem cells reveals the function of MBNL proteins during human in vitro myogenesis. Human Molecular Genetics
doi : 10.1093/hmg/ddab218 - Jarrige M, Polveche H, et al (2021). SIStemA: A large and standardized collection of transcriptome data sets for human pluripotent stem cell research. iScience.
doi: 10.1016/j.isci.2021.102767 - Mournetas V, et al (2021). Myogenesis modelled by human pluripotent stem cells: a multi‐omic study of Duchenne myopathy early onset. Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle.
doi : 10.1002/jcsm.12665 - Polvèche H, Jarrige M SIStemA : Gene expression database of human Stem Cell and their differentiated derivative. Poster JOBIM 2019. ( lien pdf )
- Hoch L, et al (2019). Identification of thiostrepton as a pharmacological approach to rescue misfolded alpha-sarcoglycan mutant proteins from degradation. Scientific Reports
doi : 10.1038/s41598-019-43399-w - Fontrodona N, Aubé F , et al (2019). Interplay between coding and exonic splicing regulatory sequences. Genome Research
doi : 10.1101/gr.241315.118 - Maury Y, et al (2018). Human pluripotent stem cell-based drug screening reveals therapeutic potential of repurposable cardiac glycosides in myotonic dystrophy type 1. iScience
doi : 10.1016/j.isci.2018.12.019 - Galvan L, et al (2018). The striatal kinase DCLK3 produces neuroprotection against mutant huntingtin. Brain
doi : 10.1093/brain/awy057 - Cambon K, et al (2017). Preclinical Evaluation of a Lentiviral Vector for Huntingtin Silencing. Mol Ther Methods Clin Dev.
doi : 10.1016/j.omtm.2017.05.001 - Darvile H, et al (2016). Human Pluripotent Stem Cell-derived Cortical Neurons for High Throughput Medication Screening in Autism: A Proof of Concept Study in SHANK3 Haploinsufficiency Syndrome. EBioMedicine.
doi : 10.1016/j.ebiom.2016.05.032
