SIStemA : une collection importante et normalisée de jeux de données transcriptomiques pour la recherche sur les cellules souches pluripotentes humaines

Les cellules souches pluripotentes humaines ont ouvert une nouvelle ère passionnante pour la modélisation des maladies, la découverte de médicaments et le développement de thérapies cellulaires. Les progrès continus vers la réalisation du potentiel des cellules souches pluripotentes humaines seront facilités par des jeux de données robustes et des ressources complémentaires facilement accessibles et interrogeables par la communauté scientifiques.

Dans ce contexte, IStem et sa plateforme technologique « Analyses Génomiques »  vous présentent SIStemA, une base de données d’expression des gènes de qualité contrôlée, construite sur un précieux catalogue de lignées de cellules souches pluripotentes humaines (hPSC) et de leurs dérivés pour lesquels des analyses transcriptomiques ont été générées en utilisant un pipeline expérimental unique.

SIStemA fonctionne comme une interface unique qui aidera la communauté des cellules souches à évaluer facilement le niveau d’expression des gènes d’intérêt, tout en les comparant entre différentes lignées de hPSC, différents types de cellules, différentes conditions pathologiques ou après des traitements pharmacologiques.

Site : http://sistema.ens-lyon.fr/

Auteurs :

Margot Jarrige*, Hélène Polvèche*, Alexandre Carteron, Stéphane Janczarski, Marc Peschanski, Didier Auboeuf, Cécile Martinat

DOI (lien) : 10.1016/j.isci.2021.102767